El Club de Deportes Puerto Montt, inició sus actividades como institución deportiva el 6 de mayo de 1983.
Fue en este año cuando miembros de la Asociación Central de Fútbol (ACF) llegaron hasta esta Región para invitar a unirse a la Segunda División a las provincias de Llanquihue, Valdivia y Osorno. José Segura y Luis Villavicencio, con la ayuda del alcalde de la época, Jorge Brahm (que se convirtió en el primer presidente del club), decidieron plantear la idea al resto de la ciudad, la cual tuvo una buena acogida, para que el 6 de mayo se fundara oficialmente el Club de Deportes Puerto Montt.
No obstante, el estreno del club debió esperar un par de meses. Un domingo 21 de agosto de 1983, los puertomontinos jugaron su primer compromiso en el fútbol profesional. Ocurrió en el Estadio Collao, en el cual vencieron al local Deportes Concepción por 1-2. Francisco Cordero y Francisco Castillo fueron los goleadores, y desde la banca eran dirigidos por el ex seleccionado nacional y su primer técnico, Sergio Navarro.
El año 2001, desciende a segunda división (actual primera B), retornando el año 2002 a la división de honor, cuando se consagra campeón de la Primera división B chilena, siendo este su primer título.
En 2006 se ubica en el 3er lugar de la fase regular del Campeonato de Clausura, peleando hasta las últimas fechas el cupo Chile 3 que clasificaba a Copa Libertadores de América. Alcanzó la fase de los Plays-Off al obtener el liderato del Grupo C (con 33 puntos) pero quedo en Cuartos de final a manos del a la postre Campeón del torneo, Colo-Colo.
En el 2007, en el torneo de apertura termina en la 18º posición luego de una mala campaña. En el torneo de clausura no mejoro mucho su rendimiento y obtuvo el 16º puesto en el torneo y 18º en la tabla acumulada, (el antepenúltimo lugar) con lo que accedió a la Liguilla de Promoción a Primera A, en la cual luego de 2 victorias como local y 2 derrotas como visita se ubica en el 2º lugar del triangular y desciende a la Primera B.
En el 2008 cumple una buena campaña en la Primera B basándose en un buen fútbol, que lo tuvo siempre en lugares de privilegio peleando por el campeonato tanto en el Apertura como en el Clausura, incluso llegando a ser Puntero absoluto luego de ganarle en el Clausura a Curicó Unido en el Chinquihue por 2-1. A pesar de esto no pudo mantener la punta y sólo le quedo pelar por el Clausura, pero luego de 2 derrotas seguidas en la antepenúltima y penúltima fecha del torneo solo consiguió acceder a la Liguilla de Promoción por un cupo en la Primera A para la temporada 2009ante la Unión Española. En el partido de ida jugado en el Estadio Chinquihue, y frente a un marco de aproximadamente 10.000 espectadores, Deportes Puerto Montt perdió 1-2. Mientras en la vuelta, en un partido jugado en Santa Laura, y luego de ir ganando por 0 a 3, el equipo hispano empató el encuentro 3-3, por lo cual Deportes Puerto Montt se mantuvo en la Primera B del fútbol chileno y Unión Española se quedó en la Primera división.
En la temporada 2009, el cuadro hizo historia al jugarse por primera vez en la Isla de Chiloé partidos de fútbol profesional. El 5 de julio se enfrentaron a Provincial Osorno en el Estadio Fiscal de la ciudad de Castro, partido que terminó empatado a cero. Ese año el club cumple una campaña irregular que lo tubo en la mediania de la tabla. En tanto por la Copa Chile alcanzo la Quinta Fase, quedando eliminado a manos del Campeon Vigente.
Han pasado por sus filas, destacados jugadores que han sido seleccionados nacionales y algunos ex-mundialistas, como: Nelson Tapia, Marcelo Corrales, Domingo Arévalos, Justo Javier Meza, Esteban Valencia, Richard Zambrano y destacados entrenadores como: Alicio Solalinde, Jorge Garcés, Francisco "Chamaco" Valdés entre otros.
